Det framgick när regeringens egen expertutredning presenterade sin delrapport i Tallinn på torsdagen.
- Så länge en rad frågor är obesvarade i haveriutredningen kan vi inte utesluta alternativa förklaringar till Estonias förlisning, sade biträdande riksåklagare Margus Kurm som lett den estländska expertgruppen.
Expertutredningen kritiserar också svenska myndigheter som inte tillåtit intervjuer med vissa nyckelpersoner. Det gäller bland annat de dykare som arbetade vid den officiella dykoperationen, personer som de estländska utredarna velat men inte fått träffa.
När det gäller brister i utredningen drar expertutredningen också slutsatsen att Estonias bottenskrov aldrig undersökts eller filmats i dess helhet.
Haveriutredningen har inte presenterat tillfredsställande förklaringar till de hårda stötar som flera passagerare känt och hört, konstateras i den estländska rapporten.
Expertgruppen pekar också på att berättelser från två ögonvittnen motsäger haverikommissionens version att bogvisiret lossnade omkring 15 minuter efter midnatt katastrofnatten och att detta var huvudorsaken till förlisningen.
Dessa vittnen såg bogvisiret på plats omkring tio minuter senare, enligt den estländska expertgruppen.
Enligt Margus Kurm finns det ingen tillfredsställande förklaring i haverikommissionens rapport till det faktum att vatten trängde in i hytterna på nedersta däck.
- Men den frågan är viktig när det gäller sjunkförloppet, sade Kurm vid presskonferensen.
Margus Kurm sade att ett eventuellt beslut om en ny haveriutredning är en fråga för Estlands, Sveriges och Finlands regeringar.
TT frågade den estländske justitieministern Rein Lang om han anser att det behövs en ny utredning:
- Nej, inte i det här skedet, men vi förväntar oss fler svar från den internationella haverikommissionen, sade han.
Expertgruppen skulle varit klar i höstas men har nu fått förlängt mandat för tredje gången. Gruppen ska också utökas med en femte medlem, en representant från sjöfartsverket i Estland.
Estlands regering tillsatte sin expertgrupp för ett år sedan, när den svenska regeringens utredare Johan Hirschfeldt hade konstaterat att Estonia fraktat krigsmateriel vid två tillfällen före olycksfärden i september 1994.
Gruppens ursprungliga uppgift var att undersöka om estländska myndigheter hade medverkat i de militära transporter ombord Estonia. Man fann inga bevis för det men har i stället vidgat sitt arbete till att undersöka om det finns outredda orsaker till Estonias förlisning.
Den estländska expertutredningen om Estonias militära transporter pekar på en rad brister i den internationella haverikommissionens arbete och slutrapport.
Här följer några punkter:
– Kommissionen har inte uttömt alla möjligheter för att avgöra om det inträffat en explosion vid bogvisirets fästen.
– Uppgiften att bogvisiret lossnade en kvart efter midnatt katastrofnatten motsägs av ögonvittnen.
– Videofilmerna av skrovet har flera avbrott, där man inte kan avgöra om filmerna stoppats eller redigerats.
– Det finns inte tillfredsställande förklaringar till de hårda stötar som många överlevande passagerare känt och hört.
– Tillfredsställande förklaringar saknas också till det faktum att vatten strömmade in under bildäck.
De estländska utredarna konstaterar vidare att det finns en videofilmad berättelse om att dykningar företogs bara några dagar efter olyckan och inte endast i december 1994, vilket uppges officiellt. Utredarna har fått motsägelsefulla kommentarer kring detta från svenska myndigheter.
Expertgruppen anser sig också ha skäl att tro att bogvisiret hittades nio dagar tidigare än det officiella datumet, den 18 oktober 1994.
Man menar även att går att misstänka att Estonias bildäck filmades, trots att haverikommissionens slutrapport hävdar motsatsen.
Uppgifterna om militära transporter ombord på Estonia i september 1994 utreds vidare i Estland.
Regeringen tillsatte i mars i fjol en expertutredning. Ordförande är Margus Kurm, formellt avdelningschef vid riksåklagarämbetet men i praktiken biträdande riksåklagare. Ytterligare en åklagare, Kristel Siitam-Nyiri, deltar i utredningen.
Namnen på de övriga två ledamöterna är hemliga. De är utsedda av chefen för säkerhetspolisen respektive chefen för underrättelsetjänsten.
Utredningen skulle ha varit klar i höstas men dess mandat har förlängts upprepade gånger.
Parlamentet utsåg i maj i fjol en egen undersökningskommission med sex politiker, en representant för varje parti i parlamentet. Ordförande är Margus Leivo från Folkförbundet.
Kommissionen skulle ha varit klar till nyår men arbetet fortsätter till den 1 juli i år.
Bil- och passagerarfärjan Estonia förliste den 28 september 1994. Det var storm på Östersjön och Estonia var på väg från Tallinn till Stockholm.
Totalt 852 personer omkom, varav omkring 500 svenskar. Bara 137 personer överlevde.
Estonia kantrade och sjönk snabbt sedan bogvisiret lossnat och vatten trängt in i fartyget.
Den officiella förklaringen är att bogvisiret var klent och vädret hårt. Erfaret sjöfolk har envist hävdat att färjan höll för hög fart för det väder som rådde.
En svensk utredning har tillbakavisat teorin att katastrofen vållades av att Sverige transporterade militär materiel katastrofnatten.