Lars Danielsson kan ha lämnat felaktiga uppgifter vad han gjorde på annandagen.
Det slår de nya tsunamibanden fast, uppger en källa till Svenska Dagbladet.
Danielsson själv förnekar.
Statssekreterare Lars Danielsson (s) ska ha lämnat spår efter sig i regeringens mejlsystem på annandagen 2004. Nu skriver SvD att spåren inte stämmer med vad Danielsson själv sagt att han gjorde första dygnet efter tsunamin.
Hovrättspresidenten Johan Hirschfeldts experter har granskat tsunamibanden under tre månader.
– Kommissionens ledamöter har fått del av vissa resultat av den genomgång som har gjorts. Därvid har också nya fakta redovisats, säger Johan Hirschfeldt till SvD.
Banden hittades den 13 oktober i regeringens källare och innehåller säkerhetskopior av trafik på datanätverket från tiden kring katastrofen, bland annat från regeringens mejlsystem.
Själv har Danielsson berättat att han hade full kontroll på läget och att han var aktiv från klockan sju på annandagens morgon.
Men nu skriver alltså Svenska Dagbladet att spåren inte stämmer överens med det han uppgett tidigare.
– Materialet väcker frågor som måste besvaras, säger en av SvD:s källor.
Den nya informationen om Danielssons agerande gör att regeringen kommer att få en begäran om att Katastrofkommissionen, eller Medborgarkommissionen som den egentligen heter, ska få granska fallet ännu en gång.
Lars Danielsson säger till Aftonbladet att uppgifterna han lämnat tidigare stämmer och han inte har några övriga kommentarer till artikeln.
– Jag har inte sett några nya bevis så jag kan inte kommentera.
Han kommer inte heller att handla utifrån de nya uppgifterna.
– Jag agerar inte på basis av artiklar i Svenska Dagbladet, säger han till Svenska Dagbladet.
Natten till annandagen sveper tsunamivågen in över Thailands västkust och ett stort antal svenskar skadas och omkommer.
Regeringen uppträder handlingsförlamat under katastrofens första dygn, och det retar många svenskar.
Lars Danielsson hade en nyckelroll i krisledningsarbetet som chef för statsrådsberedningen.
Det finns flera oklarheter om vad Danielsson egentligen gjorde under katastrofdygnet. Bland annat har regeringen uppgett att inget material fanns bevarat om hur Danielsson använt sin dator. Det visade sig inte stämma, då tsunamibanden hittades.