Hammarby sökte pengar för att bygga om träningsanläggningen, men fick nej av Stockholm Stad.
Men vid ett senare tillfälle gav kommunen Djurgården 90 miljoner när klubben ville bygga om.
– Det måste vara ett missförstånd, säger Hammarbys ordförande Kent Hertzell till eurosport.se.
Under 2012 kommer det att vara som vanligt, men från och med 2013 kommer Hammarby och Djurgården att dela på Stockholmsarenan.
Det är konstgräs på arenan och lagen vill bygga om sina träningsanläggningar så att de kan träna på rätt underlag.
Hammarby bad Stockholm Stad om pengar till projektet, men fick ett nej.
När Djurgården sökte pengar för samma sak fick dock klubben grönt ljus. Dif får 90 miljoner kronor att rusta upp Kaknäs och Storängsbotten.
– Jag tror att det har blivit något fel här helt enkelt. Vi kommer faktiskt att träffa stadsdirektören i morgon och prata med honom om det här och jag tror att han vill prata med oss också, säger Hammarbys ordförande Kent Hertzell till eurosport.se.
– Det vore förstås fullständigt orimligt att särbehandla oss på det här sättet. Då får de allt har väldigt bra argument för att jag ska förstå.
Hertzell tycker att Djurgården har rätt till det ekonomiska stödet, men anser att Hammarby också borde få det.
Välkommen att kommentera på Aftonbladet! Här är du med och skapar Sveriges mest engagerande mötesplats och nyhetskälla med viktig information, argument och synpunkter. Vi litar på att du håller en saklig ton och visar respekt för andra som deltar i diskussionen. Självklart skriver vi inte hatiska kommentarer på Aftonbladet. Och lika självklart står vi för det vi tycker. Kul att du vill vara med!
Med vänlig hälsning Jan Helin, chefredaktör.
Läs mer om kommentarer